Un impetuoso príncipe, afanoso de impresionar a su padre, sorprende a propios y extraños apoderándose de un artefacto, la daga del tiempo, durante la invasión de un palacio.
Dicha daga resultó ser más de lo que parecía y al margen de albergar extraordinarios poderes servía al mismo tiempo de llave para abrir el reloj del tiempo. Influenciado negativamente por un malvado visir, el príncipe abre la puerta del pasado y la desgracia se cierne sobre el palacio, convirtiendo a casi todos sus habitantes en temibles monstruos sedientos de sangre. Y así empieza la aventura de nuestro protagonista.

Tras centenares de saltos y trampas evitadas, decenas de enemigos caídos bajo su espada y otras tantas utilizaciones de los maravillosos poderes de su daga, el Príncipe de Persia consigue (o eso cree) su objetivo, volviendo atrás en el tiempo y retrocediendo justo antes de que su padre invadiera el Palacio.

Pero nadie puede escapar a su destino y un implacable ser cuyo objetivo es buscar una especie de divina retribución por lo que tuvo que ser y no fue, el Dahaka, persigue al protagonista noche tras noche después de ese suceso. Su única opción consiste en viajar a una misteriosa isla e intentar conseguir audiencia con una mujer muy especial, la Emperatriz del Tiempo.